Это случилось из-за того, что у набора записей не был установлен отбор. Если отбор не установлен, то такой набор записей распространяется на весь регистр и, конечно, это приведет к перезаписи регистра сведений новым набором.
См. также
"Периодические регистры сведений"
"Проектирование структуры периодических регистров сведений"